Pelatihan “Molecular Identification and Phylogenetic Analysis”

Pendahuluan

Pelatihan “Molecular Identification and Phylogenetic Analysis (Including Barcoding & Multigene Tree Reconstructions)” dilaksanakan memberikan pengetahuan teoritis dasar dan keterampilan praktis kepada mahasiswa, akademisi dan peneliti dalam melakukan identifikasi organisme (hewan, tumbuhan dan mikroba) secara molekuler berdasarkan data sekuen DNA, analisis filogenetik dan evolusi. Pelatihan ini mencakup analisis sekuen DNA hasil sekuensing, pengambilan dan pengumpulan data dari GenBank, analisis hasil BLAST, teknik dan program penyelarasan data sekuen (alignment), aplikasi berbagai metode untuk merekonstruksi pohon filogenetik yang memenuhi kaidah-kaidah publikasi internasional dengan menggunakan data sekuen DNA gen tunggal dan multigen, serta aplikasi beberapa program dan metode komputasi filogenetik terkini.

Pelatihan dilaksanakan atas kerjasama Perhimpunan Mikologi Indonesia (Mikoina) dan LIPI sebagai penyedia narasumber (Dr. Iman Hidayat dan Dr. Marlina Ardiyani). Karena tingginya jumlah peserta yang berminat, pelatihan dilaksanakan dalam dua gelombang dimana gelombang ke-1 dilaksanakan pada tanggal 19-23 Januari 2015 di Gd. Botani-Mikrobiologi, Cibinong dan gelombang ke-2 tgl 26-30 Januari 2015 di Gd. Kusnoto, Bogor. Total jumlah peserta adalah 36 orang dari sekitar 18 institusi (perguruan tinggi dan lembaga penelitian) telah mengikuti pelatihan.

Daftar Peserta Pelatihan
Gelombang I (19-23 Januari 2015)

1. Dr. Retno Widowati. (Universitas Nasional)
2. Megga Ratnasari Pikoli. (UIN Syarif Hidayatullah)
3. Dr. Sri Listiyowati. (Institut Pertanian Bogor)
4. Nani Radiastuti M.Si. (UIN Syarif Hidayatullah)
5. Rohani Cinta Badia Ginting. (Balai Penelitian Tanah)
6. Dwi Ningsih Susilowati. (Balai Besar Litbang Bioteknologi & Sumber Daya Genetik Pertanian)
7. Dr. Nampiah Sukarno. (Institut Pertanian Bogor)
8. Alchemi Putri Juliantika Kusdiana. (Balai Penelitian Sembawa, Pusat Penelitian Karet)
9. Prof. Dr. I Gede Rai Maya Temaja. (Universitas Udayana)
10. Dr. I Made Sudana, MS. (Universitas Udayana)
11. Syofi Rosnalawati  . (BP. Bioteknologi BPPT Serpong)
12. Indra Rachmawati. (BP. Bioteknologi BPPT Serpong)
13. I Dewa Made Putra Wiratama. (Universitas Udayana)
14. Hadi Dahruddin. (Pusat Penelitian Biologi, Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia)
15. Wita Wardhani. (Pusat Penelitian Biologi, Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia)
16. Dr. Nilam F. Wulandari. (Pusat Penelitian Biologi, Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia)

Gelombang II (26-30 Januari 2015)

1. Dr. Gayuh Rahayu. (Institut Pertanian Bogor)
2. Dr. Sri Rejeki Rahayuningsih. (Universitas Padjadjaran)
3. Dr. Agustian. (Universitas Andalas)
4. Sukoso. (Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan,Universitas Brawijaya)
5. Miftakhurohmah. (Balai Penelitian Tanaman Rempah dan Obat)
6. Syatrawati. (Politeknik Pertanian Negeri Pangkep)
7. Dr. Rini Puspitaningrum. (Universitas Negeri Jakarta)
8. Ernin Hidayati. (Universitas Mataram)
9. Dra. Supeni Sufaati M.Sc.. (Universitas Cenderawasih)
10. Dra. Verena Agustini S, M.Sc(Universitas Cenderawasih)
11. Riana Murti Handayani. (Departemen Proteksi Tanaman, Institut Pertanian Bogor)
12. Sri Hartati. (Departemen Proteksi Tanaman, Institut Pertanian Bogor)
13. Widiya Sari. (Departemen Proteksi Tanaman, Institut Pertanian Bogor)
14. Ummu Salamah Rustiani. (Departemen Proteksi Tanaman, Institut Pertanian Bogor)
15. Dian Hendrayanti. FMIPA, (Universitas Indonesia)
16. Dr. Kustiariyah Tarman. (Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor)
17. Santi Rukminita Anggraeni. (Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Padjadjaran)
18. Dr. Nuniek Ina Ratnaningtyas MS(Fakultas Biologi, Universitas Jenderal Soedirman)
19. Dr. Nuraeni Ekowati MS(Fakultas Biologi, Universitas Jenderal Soedirman
20. Dr. Dalia Sukmawati. (Universitas Negeri Jakarta)

Jadwal dan Materi Pelatihan

Monday
08.30-09.00 :    Opening and preview of the course
09.00-09.30 :    Introduction of the participants (@ person 3 minutes)
09.30-10.30 :    Introduction to phylogeny (Theory)
10.30-11.30  :    An outline of phylogenetic tree reconstruction (Theory)
11.30-12.00  :    Installation of phylogenetic analysis softwares
12.00-13.00  :    Lunch
13.00-16.00  :   Editing, trimming, assembling of DNA sequence and BLAST

Tuesday
08.30-10.00 :    Multiple Sequence Alignment (MSA)
10.00-12.00 :    Building tree: Neighbor Joining (NJ) method
12.00-13.00 :    Lunch
13.00-16.00 :    Building tree: Maximum Likelihood (ML) and Bayesian
Inference methods

Wednesday
08.30-10.00 :    Building tree: Maximum Parsimony (MP) method
10.00-12.00 :    Multigene phylogenetic tree reconstruction
12.00-13.00 :    Lunch
13.00-16.00 :    Phylotree reconstruction using MEGA6 (NJ, MP and ML analyses)

Thursday
08.30-10.30 :    Interpreting phylogenetic tree
10.30-12.00 :    Introduction to DNA barcoding
12.00-13.00 :    Lunch
13.00-16.00 :    Primer design

Friday
08.30-11.30 :    Submission of DNA sequence to GenBank
11.30-13.00 :    Lunch
13.00-16.00 :   Evaluation: single and multigene phylotree reconstruction using NJ,
MP and ML analyses
16.00-16.30 :    Closing and certificate distribution

Sumber: https://puslitbiologi.wordpress.com/2015/02/24/pelatihan-molecular-identification-and-phylogenetic-analysis/